Forma parte de la Cuenca de Pamplona y se encuentra rodeada en su franja meridional por la Sierra del Perdón o Erreniega, y por la Peña de Etxauri por el Oeste.
El término de Zizur se encuentra comprendido entre la franja de altitud 400-600 m. , situándose en su mayor parte alrededor de los 450 m, ascendiendo suavemente conforme nos acercamos hacia la Sierra del Perdón en el Sur. Disminuye su altitud en cambio hacia el Norte en dirección hacia el río Elorz-Arga y hacia el término de Barañain, alcanzando altitudes próximas a los 400 m.